Sekitar tahun 1960 SMA ini merupakan cabang/filial dari SMA Negeri Samarinda (sekarang SMA Negeri 1 Samarinda) yang dipimpin oleh Kepala Sekolah Yacob I Salu. Karena adanya tugas lain, setelah berlibur ia tidak kembali. Untuk kelancaran belajar mengajar di bidang PMU ( sekarang Bidang Dikmenum ) Kanwil Depdikbud Propinsi Kalimantan Timur untuk priode 1961 – 1975 tugas Kepala Sekolah dipercayakan kepada Bapak Yuslimin Sanlias, BA.
Sesuai dengan SK mentri P dan K RI – Kepala Inspektorat Tata Laksana tertanggal Jakarta, 30 Juli 1964 nomor 79/SK/III terhitung tanggal 1 Agustus 1964 SMA ini resmi menjadi SMA Negara yang berdiri sendiri baik organisatoris, administratif, maupun di bidang teknik kependidikan.
Kemudian berdasarkan SK Direktorat Pendidikan Umum tertanggal Jakarta, 30 Juli 1965 nomor 18/Dirpu/1965 terhitung tanggal 1 Agustus 1965 SMA Negara ini resmi menjadi SMA Negeri yang berdiri sendiri.
Walaupun SMA ini telah menjadi SMA Negeri namun tantangan-tantangan, hambatan-hambatan, kesulitan-kesulitan dan lain sebagainya masih banyak sekali yang harus diatasi demi kelancaran pelaksanaan proses belajar mengajar yang pada waktu itu belum stabil desegala bidang.
Gedung sebagai sarana tempat melaksanakan proses belajar mengajar masih meminjam / menggunakan sekolah Cina Chiau Tsung Tarakan yang berdasarkan Surat Berita Acara peminjaman / pemak
aian tertanggal 7 Juni 1966 nomor 01/P/66 penaggung jawab gedung tersebut adalah Kepala SMP Fajar. Alhamdulillah, sesuai SK Kepala Kantor Wilayah Debdikbud Propinsi Kaltim tertanggal 20 Agustus 1975 nomor D.III/PW – KT/75 terhitung tanggal 20 Agustus 1975 sekolah Cina Chiau Tsung yang dipinjamkan sebagai tempat pelaksanaan proses belajar mengajar dan kegiatan lainnya oleh Kepala Kantor Wilayah Depdikbud Propinsi Kaltim secara resmi diserahkan ke SMA Negeri Tarakan.
Sejak saat itulah SMA Negeri memiliki gedung sendiri. Berkat keuletan Kepala Sekolah dan kerjasamanya dengan para guru/pendidik, baik guru tetap maupun guru terhormat maka segala tantangan-tantangan, kesulitan, tantangan dapat diatasi sehingga pelaksanaan proses belajar mengajar dapat berjalan dengan baik dan lancar yang akhirnya para siswa siswinya selalu mendapat hasil yang memuaskan